本署設下列組、室：
一、企劃組，分四科辦事。
二、承保組，分四科辦事
三、財務組，分三科辦事。
四、醫務管理組，分五科辦事。
五、醫審及藥材組，分四科辦事。
六、資訊組，分六科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室，分四科辦事。
九、政風室。
十、主計室，分五科辦事。
十一、臺北業務組，分十二科辦事。
十二、北區業務組，分八科辦事。
十三、中區業務組，分九科辦事。
十四、南區業務組，分九科辦事。
十五、高屏業務組，分九科辦事。
十六、東區業務組，分四科辦事。