醫務管理組掌理事項如下：
一、醫務管理政策與法規之擬議、作業規則及標準作業流程之研訂。
二、醫療費用總額協定之擬議及各部門醫療費用總額之管理。
三、醫療支付制度之規劃與醫療給付項目之收載、核價等支付標準之擬訂及協商。
四、醫療費用申報與支付業務之規劃、醫療費用欠費催收及報列呆帳之規劃、處理。
五、自墊醫療費用核退業務、山地離島與偏遠地區醫療業務之規劃及管理。
六、保險醫事服務機構提供醫療給付或保險對象領取保險給付查處原則之研訂及違法案件之移送。
七、醫務管理業務之研究發展、統計分析及技術促進。
八、其他有關醫務管理事項。