品質監督管理組掌理事項如下：
一、食品藥物化粧品風險評估綜合業務。
二、食品藥物化粧品危害事件之應變及管理。
三、藥物製造、運銷品質系統管理與查核業務之規劃及執行。
四、化粧品製造管理與查核業務之規劃及執行。
五、食品衛生安全管理系統認證、驗證業務之規劃及執行。
六、人體器官保存庫與人體細胞組織優良操作規範查核業務之規劃及執行。
七、食品藥物化粧品實驗室管理與認證業務之規劃及執行。
八、其他有關品質監督管理事項。