本署設下列組、室、區管理中心：
一、企劃及科技管理組，分四科辦事。
二、食品組，分六科辦事。
三、藥品組，分六科辦事。
四、醫療器材及化粧品組，分六科辦事。
五、管制藥品組，分六科辦事。
六、研究檢驗組，分六科辦事。
七、品質監督管理組，分五科辦事。
八、秘書室，分三科辦事。
九、人事室，分二科辦事。
十、政風室。
十一、主計室，分二科辦事。
十二、資訊室，分二科辦事。
十三、北區管理中心，分六科辦事。
十四、中區管理中心，分三科辦事。
十五、南區管理中心，分三科辦事。