中醫藥司掌理事項如下：
一、中醫藥管理政策之規劃、推動及相關法規之研擬。
二、中醫醫事人員管理與醫事人力發展政策之規劃、推動及相關法規之研擬。
三、中醫醫事機構管理政策之規劃、推動及相關法規之研擬。
四、中藥（材）、植物性藥材之管理與品質促進政策之規劃、推動及相關法規之研擬。
五、其他有關中醫藥管理事項。