綜合規劃司掌理事項如下：
一、衛生福利政策與施政計畫之研擬、規劃、管制、考核及評估。
二、行政效能提升與便民服務業務之規劃、推動、督導及考核。
三、本部與所屬機關、地方衛生機關績效之評估及考核。
四、本部與所屬機關衛生福利科技發展之策略規劃及計畫審議。
五、衛生福利科技研發成果衍生智慧財產權之管理及技術移轉之推動。
六、衛生教育規劃、宣導、評估及醫療保健知能傳播。
七、大陸地區衛生專業人士來臺審查作業。
八、本部衛生福利、醫療保健出版刊物之編輯及管理。
九、其他有關綜合規劃事項。