急性傳染病組掌理事項如下：
一、腸道傳染病防治政策之規劃及推動。
二、病媒傳染病防治政策之規劃及推動。
三、急性呼吸道傳染病防治政策之規劃及推動。
四、國家預防接種政策之規劃及推動。
五、急性傳染病之研究發展。
六、其他有關急性傳染病防治事項。