慢性傳染病組掌理事項如下：
一、愛滋病與結核病防治政策之規劃及推動。
二、愛滋病與結核病疫情之研判及處理。
三、漢生病防治政策之規劃及推動。
四、性傳染病防治政策之規劃及推動。
五、慢性傳染病之研究發展。
六、其他有關慢性傳染病防治事項。