新興傳染病整備組掌理事項如下：
一、新興傳染病防治政策之規劃及推動。
二、生物病原災害應變整備政策之規劃及推動。
三、防疫物資整備政策之規劃及推動。
四、傳染病防治醫療網之規劃及推動。
五、新興傳染病之研究發展。
六、其他有關新興傳染病整備事項。