慢性疾病防治組掌理事項如下：
一、高血壓、高脂血症、糖尿病與其他代謝性疾患防治之規劃及推動。
二、心臟病、腦血管疾病、慢性腎臟病、氣喘與慢性阻塞性肺病防治之規劃及推動。
三、骨質疏鬆症、老人跌倒防制與更年期保健之規劃及推動。
四、慢性疾病防治之宣導教育。
五、慢性疾病篩檢之規劃及推動。
六、慢性疾病病友支持網絡之建構。
七、其他有關慢性疾病防治事項。