醫務行政室掌理事項如下：
一、疾病分類統計及相關資料之分析。
二、住（出）院病歷之整理編排。
三、掛號及醫療費用收費業務。
四、全民健康保險醫療給付有關業務。
五、醫事人員執業登錄及醫院間醫療合作業務。
六、資訊作業管理與維護。
七、其他有關醫務行政事項。

醫院未設醫務行政室者，前項業務由社會工作室（科）掌理之；其未設社會工作室（科）者，由總務室掌理之。