本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，下設醫療發展基金、全民健康保險紓困基金、藥害救濟基金、菸害防制及衛生保健基金、預防接種受害救濟基金、疫苗基金、食品安全保護基金、社會福利基金、家庭暴力及性侵害防治基金、長照服務發展基金、生產事故救濟基金十一個基金，編製附屬單位預算之分預算。