本基金及下設各基金之管理機關如下：
一、本基金、醫療發展基金、家庭暴力及性侵害防治基金、長照服務發展基金、生產事故救濟基金：衛生福利部。
二、全民健康保險紓困基金：衛生福利部中央健康保險署。
三、藥害救濟基金、食品安全保護基金：衛生福利部食品藥物管理署。
四、菸害防制及衛生保健基金：衛生福利部國民健康署。
五、預防接種受害救濟基金、疫苗基金：衛生福利部疾病管制署。
六、社會福利基金：衛生福利部社會及家庭署。