本基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、醫療發展基金收入。
三、全民健康保險紓困基金收入。
四、藥害救濟基金收入。
五、菸害防制及衛生保健基金收入。
六、預防接種受害救濟基金收入。
七、疫苗基金收入。
八、食品安全保護基金收入。
九、社會福利基金收入。
十、家庭暴力及性侵害防治基金收入。
十一、長照服務發展基金收入。
十二、生產事故救濟基金收入。
十三、其他有關收入。

前項第三款所定全民健康保險紓困基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、受贈收入。
三、全民健康保險紓困基金之孳息收入。
四、公益彩券回饋金收入。
五、菸品健康福利捐分配之收入。
六、其他有關收入。

第一項第四款所定藥害救濟基金之來源如下：
一、藥物製造業者及輸入業者繳納之徵收金。
二、滯納金。
三、代位求償之所得。
四、受贈收入。
五、藥害救濟基金之孳息收入。
六、其他有關收入。

第一項第六款所定預防接種受害救濟基金之來源如下：
一、疫苗製造或輸入廠商依傳染病防治法規定繳納之徵收金收入。
二、受贈收入。
三、預防接種受害救濟基金之孳息收入。
四、其他有關收入。

第一項第七款所定疫苗基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、公益彩券盈餘、菸品健康福利捐分配之收入。
三、受贈收入。
四、疫苗基金之孳息收入。
五、其他有關收入。

第一項第八款所定食品安全保護基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、違反食品安全衛生管理法罰鍰之部分提撥。
三、依食品安全衛生管理法科處並繳納之罰金、沒收、追徵或抵償之現金或變賣所得。
四、依食品安全衛生管理法或行政罰法規定沒入、追繳、追徵或抵償之不當利得部分提撥。
五、食品安全保護基金之孳息收入。
六、受贈收入。
七、其他有關收入。

第一項第九款所定社會福利基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、菸品健康福利捐分配之收入。
三、社會福利基金之孳息收入。
四、公益彩券回饋金收入。
五、受贈收入。
六、其他有關收入。

第一項第十一款所定長照服務發展基金之來源如下：
一、遺產稅及贈與稅稅率由百分之十調增至百分之二十以內所增加之稅課收入。
二、菸酒稅菸品應徵稅額由每千支（每公斤）徵收新臺幣五百九十元調增至新臺幣一千五百九十元所增加之稅課收入。
三、政府循預算程序之撥款。
四、菸品健康福利捐分配之收入。
五、受贈收入。
六、長照服務發展基金之孳息收入。
七、其他有關收入。

第一項第十二款所定生產事故救濟基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、菸品健康福利捐分配之收入。
三、受贈收入。
四、生產事故救濟基金之孳息收入。
五、其他有關收入。