本基金之用途如下：
一、醫療發展基金支出。
二、全民健康保險紓困基金支出。
三、藥害救濟基金支出。
四、菸害防制及衛生保健基金支出。
五、預防接種受害救濟基金支出。
六、疫苗基金支出。
七、食品安全保護基金支出。
八、社會福利基金支出。
九、家庭暴力及性侵害防治基金支出。
十、長照服務發展基金支出。
十一、生產事故救濟基金支出。
十二、管理及總務支出。
十三、其他有關支出。

前項第二款所定全民健康保險紓困基金之用途如下：
一、提供經濟困難無力繳納保險費之保險對象無息申貸下列費用：
（一）依全民健康保險法第二十七條規定之自付保險費。
（二）依全民健康保險法第四十三條及第四十七條規定應自行負擔之費用。
二、協助弱勢族群排除就醫障礙支出。
三、補助經濟困難者參加全民健康保險應自付之保險費。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。

前條第二項第四款之收入，應專供前項第二款用途之用；前條第二項第五款之收入，應專供前項第三款用途之用。

第一項第三款所定藥害救濟基金之用途如下：
一、藥害救濟金之給付。
二、委託或補助其他機關（構）或團體辦理藥害救濟有關事項之支出。
三、委託或補助藥害及藥物副作用防制事項之支出。
四、減少藥害及藥物副作用之獎勵、研究及策略研訂事項之支出。
五、涉及藥害及藥物副作用之國際合作相關事項之支出。
六、執行藥害救濟調查及審議相關費用事項之支出。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。

第一項第五款所定預防接種受害救濟基金之用途如下：
一、預防接種受害救濟之給付。
二、辦理預防接種副作用之防治及通報支出。
三、辦理減少預防接種副作用之獎勵、研究及策略研訂支出。
四、辦理預防接種受害救濟及預防接種副作用之國際合作支出。
五、辦理預防接種受害救濟之受理、調查及審議支出。
六、委託或補助辦理預防接種受害救濟相關支出。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。

第一項第六款所定疫苗基金之用途如下：
一、疫苗採購支出。
二、辦理預防接種各項業務與相關設備購置、維護及管理等支出。
三、辦理預防接種相關之研究調查、訓練及國際合作等支出。
四、委託、補助及獎勵辦理預防接種等支出。
五、管理及總務支出。
六、其他有關支出。

第一項第七款所定食品安全保護基金之用途如下：
一、補助消費者保護團體因食品衛生安全事件依消費者保護法之規定，提起消費訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
二、補助經公告之特定食品衛生安全事件，有關人體健康風險評估費用。
三、補助勞工因檢舉雇主違反食品安全衛生管理法之行為，遭雇主解僱、調職或其他不利處分所提之回復原狀、給付工資及損害賠償訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
四、補助依食品安全衛生管理法第四十三條第二項所定辦法之獎金。
五、補助促進食品安全之相關費用。
六、管理及總務支出。
七、其他有關支出。

第一項第八款所定社會福利基金之用途如下：
一、社會救助事項支出。
二、兒童、少年、婦女、老人、身心障礙者福利及家庭支持事項支出。
三、管理及總務支出。
四、其他有關支出。

第一項第十款所定長照服務發展基金之用途如下：
一、推動長照政策相關事項之支出。
二、長照發展及品質促進之相關費用。
三、提供長照服務之費用。
四、發展長照服務量能或新增型態之費用。
五、促進長照人力資源及其他長照資源發展之獎助。
六、長照相關研究及創新服務之獎助。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。

第一項第十一款所定生產事故救濟基金之用途如下：
一、生產事故救濟給付。
二、辦理生產事故救濟之受理及審議相關支出。
三、委託、捐（補）助及獎助（勵）辦理生產事故救濟行政業務相關支出。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。