本辦法依醫師法第七條之一第三項規定訂定之。

醫師於接受專科醫師訓練前，應先通過專門職業及技術人員高等考試醫師牙醫師中醫師藥師考試分階段考試規則所定醫師第二階段考試（以下稱第二階段考試），並完成畢業後綜合臨床醫學訓練（以下稱一般醫學訓練）；其訓練期間如下：
一、自國內大學醫學系六年制、學士後醫學系四年制或中醫學系選醫學系雙主修七年制畢業：二年。
二、中華民國一百年二月一日以後自國內大學醫學系七年制、學士後醫學系五年制或中醫學系選醫學系雙主修八年制畢業：一年。
三、一百年一月三十一日以前自國內大學醫學系七年制、學士後醫學系五年制或中醫學系選醫學系雙主修八年制畢業：
（一）一百零一年六月三十日以前接受一般醫學訓練：依中央衛生主管機關公告之該年度一般醫學訓練計畫所定期間。
（二）於一百零一年七月一日以後接受一般醫學訓練：一年。
四、自國外大學醫學系畢業：
（一）一百年六月三十日以前接受一般醫學訓練：依中央衛生主管機關公告之該年度一般醫學訓練計畫所定訓練期間。
（二）一百年七月一日以後接受一般醫學訓練：一年。
（三）一百零九年八月一日以後接受一般醫學訓練：二年。

醫師領有外國之專科醫師證書，經中央衛生主管機關認可者，得不受前項應先完成一般醫學訓練規定之限制。

中醫學系選醫學系雙主修應屆畢業生，於通過中醫師考試，未通過醫師第二階段考試前，得先接受一般醫學訓練；於接受一般醫學訓練日起六個月內，未通過醫師第二階段考試者，應即中止接受訓練；其訓練資歷，以採計六個月為限。

中華民國一百年七月三十一日以前，自國內醫學系、中醫學系選醫學系雙主修畢業者，得於畢業後接受一般醫學訓練；於一百零一年六月三十日以前，未領有醫師證書者，應即中止接受訓練，並停止採計訓練年資。

符合前項情事之畢業生，得不受第一項規定之限制。

中央衛生主管機關得就一般醫學訓練，辦理訓練申請人與受理訓練之醫療機構間之選配及分發，並得委託民間專業機構、團體辦理。

前項選配分發之申請資格、程序、作業方式、受理訓練之醫療機構名稱及其年度配額，由中央衛生主管機關每年公告之。