共同清除機構之設立，應檢具下列文件，向本署申請許可：
一、申請書。
二、設立及營運資金之證明文件。
三、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
四、醫療廢棄物清除設施及工具配置說明書。
五、清除設施用地之相關證明文件（如土地登記簿謄本、地籍圖謄本、土地使用清冊、土地使用同意書等）。
六、醫療廢棄物處理及最終處置方式。
七、營運管理計畫說明書。
八、財務計畫書。
九、其他經本署指定或相關法令規定之文件。