醫療廢棄物清除處理設施應於每年一月及七月十五日前，向直轄市或縣（市）衛生主管機關申報前半年之營運及操作紀錄，其申報格式及保存方式，準用公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法之規定。但經中央主管機關公告指定應以網路傳輸方式或書面申報營運紀錄者，應另依其規定申報。

醫療廢棄物清除處理設施完工開始營運之實際營運月數不足半年時，前項營運及操作紀錄以實際營運月數申報之。

衛生主管機關得不定期派員查核第一項之營運、操作及申報紀錄等相關資料，醫療廢棄物清除處理設施不得拒絕、規避或妨礙。