醫療廢棄物清除處理設施暫停營運超過三個月以上者，應於屆滿三個月後十五日內報請直轄市或縣（市）衛生主管機關備查，並繳回輔導設置文件；如於輔導設置文件繳回後一年內復業者，應向直轄市或縣（市）衛生主管機關申請發還之，始得繼續營運。

醫療廢棄物清除處理設施終止營運者，應自終止營運之日起一個月內報請直轄市或縣（市）衛生主管機關備查並繳回輔導設置文件。