醫療廢棄物清除處理設施於營運前，應取得該設施之所有權及用地使用權，並檢具下列營運相關文件送直轄市或縣（市）衛生主管機關及設施所在地之主管機關備查：
一、醫療廢棄物清除處理設施負責人姓名及國民身分證統一編號。
二、處理技術員合格證書、勞保卡及任職證明文件。
三、廢棄物清除、處理設備及工具清冊。
四、清除、處理設施用地相關證明文件（如土地登記簿謄本、地籍圖謄本、土地使用清冊、土地使用同意書等）。
五、有關設施之建築使用執照或許可。
六、處理設施試運轉報告。
七、醫療廢棄物清除處理設施產生之廢棄物處理或最終處置方式說明。
八、其他經衛生主管機關指定之事項。

醫療廢棄物清除處理設施如委託代操作及營運者，除依前項規定辦理外，並應檢附下列文件：
一、委託代操作機構名稱。
二、委託代操作機構負責人姓名及國民身分證統一編號。