醫事人員兼任醫院院長、副院長之任期為三年，期滿經依第十八條規定辦理續任評核通過者，得連任一次。但偏遠、離島地區之醫院院長、副院長，基於業務需要，且服務成績優良，經續任評核通過者，得連任二次。

醫院院長、副院長依前項所定任期遴用屆滿後，應予免兼，並得重新參加原醫院以外其他醫院之次一任院長、副院長遴選。但區域醫院院長及精神專科醫院院長應間隔一年以上，始得重新參加遴選。

醫院院長、副院長於任期內，得參加其他醫院院長、副院長遴選，或由本部依業務需要於各醫院間調任，其任期應予合併計算。但有下列情形之一者，其任期應重新計算：
一、地區醫院院長於任期內，經遴用為區域醫院院長。
二、醫院經醫院評鑑公告升格為區域醫院或醫學中心，原任院長經重新參加遴選並任用。