第三條機構、法人或團體辦理下列事項，得予全部或部分之補助；每一申請單位之補助金額，每年最高不得逾新臺幣三百萬元：
一、培育罕見疾病防治有關之研究、診斷、檢驗、治療所需之必要專業人力。
二、進行罕見疾病防治有關之學術研究及臨床研究。
三、購置罕見疾病防治有關之研究、診斷、檢驗、治療所需之專用設備。
四、進行罕見疾病防治有關之學術交流及宣導。

前項第二款臨床研究，其中有關人體試驗之醫療項目，依罕見疾病醫療補助辦法規定申請補助。

同一案件向二個以上機關提出申請補助，應列明全部經費內容、申請補助之項目及金額；其有隱匿、虛偽不實情事者，中央主管機關應撤銷該補助之核定，並以書面追繳已撥付之補助款。