查驗登記申請案件由食品業者向中央主管機關送件，並繳交審查費；中央主管機關完成收文程序後再移送受託機構辦理。受託機構執行查驗登記業務，視同中央主管機關之查驗，食品業者應予接受並配合。其有應行通知補件或說明事項，得逕行通知。

受託機構完成個別查驗登記案件之查驗後，應將查驗結果併同食品業者檢具之所有文件資料送交中央主管機關，經中央主管機關覆核後發證或駁回申請案件。