傳染病監視及預警系統之辦理事項如下：
一、醫師發現傳染病或疑似傳染病時，應依規定時限報告地方主管機關。
二、法醫師檢驗屍體，發現傳染病或疑似傳染病時，應依規定時限報告地方主管機關。
三、醫師以外醫事人員發現傳染病或疑似傳染病時，應依規定時限報告醫師或地方主管機關。
四、依前三款報告地方主管機關者，應填寫法定及新興傳染病個案（含疑似病例）報告單或於中央主管機關指定資訊系統鍵入報告資料。
五、地方主管機關接獲第一款至第三款之報告，應即將報告及疫情調查資料以電腦處理轉報中央主管機關。
六、醫療機構應設置機構內感染管制專責單位或指定專人，負責協助醫師報告。醫師於報告地方主管機關時，應知會機構內感染管制專責單位或該專人。