主管機關對於應變醫院之人員訓練、演習、隔離病房之設施、設備購置及其維護費用等，得酌予補助。

隔離醫院依前條規定啟動收治傳染病病人致影響營運時，中央主管機關得補助其與前一未被啟動年同期全民健康保險總醫療費用之差額。但中央流行疫情指揮中心成立超過一年，得依中心指揮官指示補助其與前一未被啟動年或中央流行疫情指揮中心成立前一年同期全民健康保險總醫療費用之差額。

前項補助期間，以啟動當月起至啟動解除當月後三個月為止。