區指揮官應依中央主管機關指示，辦理下列事項；區副指揮官襄助之：
一、審查傳染病防治醫療網各區之相關計畫。
二、輔導、考核地方主管機關、醫療院所有關傳染病防治事項。
三、其他經指示辦理之事項。

區指揮官得邀集醫療、感染管制、公共衛生等專家、學者及相關地方主管機關代表，提供該區傳染病防治事項之諮詢意見。