中央流行疫情指揮中心成立期間，區指揮官應依中心指揮官指示統籌指揮下列事項；區副指揮官襄助之：
一、轄區病例研判、疫情調查、醫療機構感染管制等事宜。
二、轄區醫院、病床、人力之指定、徵用、徵調及各項調度。
三、啟動醫療機構作為傳染病病人隔離治療之用。
四、其他經指示辦理之事項。