指定醫院有下列情形之一者，中央衛生主管機關得廢止其指定：
一、醫院評鑑或實驗室認證資格異動，致未符第二條第一項規定資格者。
二、違反第四條第三項、第五條或第六條第一項規定者。
三、出具不實健康檢查證明，經查證屬實者。
四、健康檢查品質及作業流程顯有瑕疵，經各級衛生主管機關通知限期改善，屆期仍未改善者。
五、違反第四條第四項規定，經各級衛生主管機關通知限期改善，屆期仍未改善者。

經中央衛生主管機關依前項第二款至第四款規定之一廢止指定醫院資格者，自廢止日起滿二年後，始得重新申請指定。