本辦法所定檢疫費用，其項目如下：
一、預防接種、瘧疾預防藥品費、阿米巴性痢疾藥品費。
二、證照費：
（一）國際預防接種證明書費。
（二）船舶衛生管制或免予衛生管制證明書費。
（三）屍體出國（境）准許證明書費。
三、衛生檢疫費：船舶衛生檢疫費。

前項第一款、第二款第一目及第三目之費用，其徵收對象為申請辦理國際預防接種、瘧疾預防藥品、阿米巴性痢疾藥品或屍體出國（境）准許事項者。但阿米巴性痢疾藥品費之徵收對象以非本國籍者為限。

第一項第二款第二目、第三款之費用，其徵收對象為入出國（境）運輸工具之所有人、管理人或代理人。

前二項之徵收對象於申辦時，持衛生福利部疾病管制署（以下簡稱疾管署）開立之繳款書或繳費單，向國庫、國庫代理銀行或代收機構繳納。但符合國庫法第五條規定者，得向疾管署或中央主管機關委託之醫療機構繳納。