船舶衛生管制或免予衛生管制證明書費，以船舶噸位計算；其收費基準如下：
一、一千噸位以下：每張新臺幣三千元。
二、超過一千至一萬噸位：客船，每張新臺幣五千元；其餘船舶，每張新臺幣四千元。
三、超過一萬至五萬噸位：客船，每張新臺幣六千三百元；其餘船舶，每張新臺幣五千元。
四、超過五萬噸位：客船，每張新臺幣七千五百元；其餘船舶，每張新臺幣六千元。