本中心任務如下：
一、疫情監測資訊之研判、防疫應變政策之制訂及其推動。
二、防疫應變所需之資源、設備及相關機關（構）人員等之統籌與整合。
三、防疫應變所需之新聞發布、教育宣導、傳播媒體優先使用、入出國（境）管制、居家檢疫、國際組織聯繫與合作、機場與港口管制、運輸工具徵用、公共環境清消、勞動安全衛生、人畜共通傳染病防治及其他流行疫情防治必要措施。