替代治療之執行方式如下：
一、治療藥物應在醫事人員監督下服用。
二、治療期間應定期安排治療對象接受心理諮詢、心理治療或輔導及人類免疫缺乏病毒相關衛教，並將輔導情況及病患配合度，列為下次療程評估參考。
三、治療之給藥方式，應依中央主管機關發布之治療指引，並得依治療對象成癮程度及臨床需要調整給藥劑量。
四、收案及治療紀錄，應包括病史、身心狀況、意願、動機、各項檢查（檢驗）報告、配合度及相關治療評估等事項。

前項第四款之收案與治療紀錄之保管及保存，應符合醫療法有關病歷之規定。