菸品健康福利捐之分配，應視受輔導與照顧者實際需求，以定額先分配供菸農及相關產業勞工輔導與照顧及由農業主管機關使用於有利癌症防治之相關產業輔導之用。但其金額不得超過前一年度菸品健康福利捐徵收金額之百分之一，由農業部依年度預算程序編列，其餘額依下列比率分配之：
一、百分之五十供全民健康保險之安全準備、醫療科技評估、醫療服務審查、全民健康保險政策推動及補助經濟困難者之保險費之用。
二、百分之二十七點二供罕見疾病相關之醫療費用、癌症防治、中央與地方菸害防制及衛生保健之用。
三、百分之十六點七供提升預防醫學與臨床醫學醫療品質、補助醫療資源缺乏地區及辦理生產事故救濟相關之用。
四、百分之五點一供中央與地方社會福利及長期照顧資源發展之用。
五、百分之一供中央與地方私劣菸品查緝及防制菸品稅捐逃漏之用。