本基金之用途如下：
一、辦理癌症防治相關支出。
二、辦理罕見疾病等醫療及相關支出。
三、辦理戒菸服務、菸品成分監測、菸害相關防制宣導教育、稽查取締、人員培訓、研究調查、國際交流及與菸害相關性疾病防治等菸害防制有關支出。
四、辦理社區健康、衛生教育、婦幼衛生、生育保健、兒童青少年、中老年保健及國際交流等衛生保健相關支出。
五、補助直轄市及縣（市）主管機關辦理菸害防制及衛生保健之工作支出。
六、管理及總務支出。
七、其他有關支出。