本所設下列各分所：
一、嘉義農業試驗分所。
二、鳳山熱帶園藝試驗分所。

前項各分所置分所長、系主任、研究員、副研究員、課長、助理研究員、課員、技佐、書記、人事管理員、會計主任、佐理員。

本所因業務需要，設花卉研究中心，置主任。

各分所及研究中心並得分系辦事，系置系主任。

本所必要時得報准設工作站，工作站置主任。