本所設下列分所及各種畜繁殖場：
一、恆春分所。
二、新竹分所。
三、宜蘭分所。
四、彰化種畜繁殖場。
五、高雄種畜繁殖場。
六、台東種畜繁殖場。
七、花蓮種畜繁殖場。

各分所得視業務需要，置分所長、系主任、研究員、副研究員、課長、助理研究員、課員、技佐、書記、會計主任（會計員）、佐理員、人事管理員。

各種畜繁殖場置場長、系主任、研究員、副研究員、助理研究員、課員、技佐、書記、會計員。