本處設三組，分別掌理下列事項：
一、第一組：園區發展政策規劃、研究發展與管制考核、招商業務之企劃與執行、國內外農業生物科技產業訊息之蒐集與分析、保稅貿易管理與資訊系統之規劃、管理、協助廠商取得農業生物技術智慧財產權及公共關係。
二、第二組：園區工商行政、勞工行政與勞動檢查業務、儲運中心與保稅倉庫之設立輔導、預防走私與警備安全防護、消防安全、相關服務業進駐園區之協調及督導。
三、第三組：園區土地、廠房與公共設施之規劃、開發、租賃維護與管理、交通系統管理、景觀之規劃與管理及環境保護相關業務。