主管機關應於園區內設置園區管理局（以下簡稱管理局），辦理園區內各項管理工作並提供各項服務；其組織，另以法律定之。

管理局掌理園區內下列事項：
一、園區發展政策、策略及相關措施規劃之擬議事項。
二、園區財務之計劃、調度及稽核事項。
三、農業科技研究、創新及發展推動事項。
四、吸引投資、招商及宣傳事項。
五、園區事業申請之審查、核准及廢止營運相關事項。
六、指定園區事業年度營運報告之提出時程事項。
七、園區事業之營運、輔導及服務事項。
八、園區事業之業務狀況查核事項。
九、工商團體之業務事項。
十、公有財產之管理及收益事項。
十一、公共設施之建設及管理事項。
十二、生活機能區之劃定、開發及管理事項。
十三、廠房、相關研究生產設施與生活機能設施之興建、租賃及規劃事項。
十四、通用之技術服務設施事項。
十五、儲運單位及保稅倉庫之設立、經營或輔導管理事項。
十六、資訊管理網路運用及園區資訊化發展之推動事項。
十七、園區環境保護工作之規劃及推動事項。
十八、園區事業、創新育成中心及研究機構之設廠或擴充規模相關證照之核轉事項。
十九、預防走私措施事項。
二十、園區其他管理及服務事項。

管理局就園區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：
一、產品檢驗與動植物防疫及檢疫事項。
二、減免稅捐相關證明之核發事項。
三、工商登記事項及農業用電證明事項。
四、公害防治事項。
五、土地使用管制及建築管理事項。
六、貨品輸出入簽證、原產地證明書之核發及進出口貿易事項。