園區事業、創新育成中心及研究機構未經管理局核准，違反第十二條第一項規定，於園區內興建廠房及相關研究生產設施者，管理局應限期令其遷出，並處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰。

園區事業、創新育成中心及研究機構違反第十六條第四項規定者，管理局應限期命其補辦，並處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰；屆期仍不補辦者，並得廢止其進駐核准。

園區事業未依第三十條規定，於指定之期間內提出年度營運報告或財務報表，或其財務報表未先經會計師查核簽證者，管理局應命其限期提出或補正；屆期仍未提出或補正者，處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並得按次連續處罰。

園區事業連續二年經依前項規定處罰後，管理局並得廢止其進駐核准。

園區事業違反第十四條第二項規定將興建之生活機能設施，提供非其從業人員使用者，管理局應限期命其改正；屆期未改正者，處新臺幣十萬元以下罰鍰。

園區事業保稅貨品之加工、管理、自行點驗進出區及按月彙報、通關、產品內銷應辦補稅程序或其他應遵行事項，違反依第二十一條第二項所定之辦法者，海關得予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並限期命其改正；屆期未改正者，並得連續處罰；連續處罰三次仍未改正者，得停止六個月以下保稅業務之一部或全部。

園區事業、創新育成中心及研究機構未依第十二條第二項規定，將售價及租金標準報請管理局核定者，管理局應限期命其補報，並處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰。

管理局或海關得派員隨時抽查或複驗園區事業之保稅業務人員處理自行點驗進出及按月彙報業務。經發現未據實辦理或未依規定期限辦理者，海關得予以警告並限期命其改正；連續警告三次仍未完成改正者，得函請管理局暫停一年以內自行點驗進出區及按月彙報之資格；其情節重大者，得函請管理局廢止其自行點驗進出區及按月彙報之資格。

園區事業之輸出入貨品，有私運或其他違法漏稅情事者，依海關緝私條例或其他有關法律之規定處理。

園區機構不依規定期限繳納管理費者，應加徵滯納金，每逾二日按滯納數額加徵百分之一滯納金至應繳納金額之百分之十五為止。

依本條例所處之罰鍰，經限期繳納，屆期未繳納者，依法移送強制執行。