本部之次級機關及其業務如下：
一、農糧署：規劃與執行農糧政策及管理事項。
二、漁業署：規劃與執行漁業政策及管理事項。
三、動植物防疫檢疫署：規劃與執行動植物防疫、檢疫、畜禽屠宰政策及管理事項。
四、林業及自然保育署：規劃與執行林業與自然保育政策及管理事項。
五、農村發展及水土保持署：規劃與執行農村發展、水土保持政策及管理事項。
六、農田水利署：規劃與執行農田水利政策及管理事項。
七、農業金融署：規劃與執行農業金融與農業保險政策及管理事項。
八、農業科技園區管理中心：執行農業科技園區管理事項。