農田水利處分設三科，各科掌理下列事項：
一、經營發展科：
（一）農田水利政策、農田水利行政法規之研究、策劃、擬訂及督導。
（二）農田水利中、長期計畫之策劃、擬訂、協調及推動。
（三）農田水利年度施政計畫、預算編列、工作報告及績效考核等事項之彙辦。
（四）農田水利會、農田水利會聯合會之監督、輔導與其組織、會務、總務、財務、主計、人事、資訊等業務之研究、策劃、督導及推動。
（五）農田水利會輔導業務之聯繫及協調。
（六）農田水利會會長、會務委員及小組長選舉業務之監督輔導。
（七）農田水利會會務委員會會議之輔導及決議事項之核定。
（八）農田水利會及農田水利會聯合會之預算、決算核定。
（九）農田水利會多角化經營之策劃、審議及督導。
（十）農田水利會會費與財務困難農田水利會補助計畫之研提推動及督導。
二、工程科：
（一）農田水利工程業務相關法規之擬訂及督導。
（二）農田水利會工程業務之策劃、督導、協調及推動。
（三）灌溉、農田排水、農地重劃等農田水利計畫與重要農業工程之策劃、督導及配合事項。
（四）農業生產環境改善工程之推動及配合協調。
（五）農田水利設施天然災害搶修與復建工程之策劃、督導及推動。
（六）農田水利工程用地徵收業務之協調及推動。
（七）農田水利工程工務行政及工程品質之督導。
（八）農田水利工程人力培訓與技術改進之調查、研究、策劃、督導及推動。
（九）國際農田水利工程技術交流。
（十）其他農田水利工程及農業工程事項。
三、灌溉管理科：
（一）灌溉管理業務相關法規之擬訂及督導。
（二）農田水土資源調查規劃、開發利用之策劃、督導、協調及推動。
（三）農業用水節水措施技術及旱作灌溉之策劃及推動。
（四）農地生態環境維護之策劃、督導及推動。
（五）灌溉管理營運基本資料之蒐集、保存及策劃改進。
（六）農田水利會灌溉計畫與用水量之策劃、審核、督導及配合事項。
（七）乾旱缺水期間灌溉管理營運對策之研擬、策劃及督導。
（八）配合民生與工業用水調撥支援用水之連繫及協調。
（九）農業用水調配、移用水補償與農地停灌等政策之研擬、策劃、協調及推動。
（十）配合農糧政策調整規劃調配用水之協調。