本分局因業務需要，設高雄港口檢疫站、高雄機場檢疫站、屏東檢疫站、台南檢疫站及金門檢疫站，各置主任一人，由本分局派技正兼任，綜理站務；其所需工作人員由本分局法定編制員額內調配。但因業務需要，得增設檢疫站。