肉品檢查課掌理下列事項：
一、畜禽屠宰衛生檢查業務之執行及督導。
二、畜禽屠宰場之管理及督導。
三、畜禽屠宰管理法規、程序、標準與方法之研究改進及建議。
四、畜禽屠宰管理申訴及糾紛案件之處理。
五、畜禽屠宰管理違規案件之查核及處理。
六、畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核及管理。
七、畜禽屠宰衛生檢查委託業務之管理及督導。
八、畜禽屠宰管理資訊之蒐集及報告。
九、外銷肉品生產場所之審查及管理。
十、其他有關畜禽屠宰管理執行事項。