植物檢疫課掌理下列事項：
一、輸出入植物與植物產品及其他植物檢疫物之檢疫。
二、輸出入植物及其產品檢疫證明書之簽發及查核。
三、輸出入植物及其產品之產地檢疫。
四、輸出入植物檢疫隔離場所之勘查、輔導及管理。
五、植物檢疫燻蒸、消毒設施之維護及管理。
六、輸出入感染或污染疫病蟲害植物及其產品之處理。
七、植物疫病蟲害疫情之蒐集及報告。
八、協助督導地方農業主管機關辦理植物防疫及種苗之疫病蟲害檢查。
九、植物防疫檢疫法規、程序、標準與方法之研究改進及建議。
十、其他有關植物之防疫、檢疫執行事項。