漁政組分設五科，各科掌理下列事項：
一、資源管理科：
（一）沿近海漁業資源養護、利用政策之擬訂、協調、督導及管理。
（二）沿近海漁場保護、利用、改造政策之擬訂、協調、督導及管理。
（三）沿近海特定漁業管理政策之擬訂、協調、督導及執行。
（四）沿近海漁業巡護政策之擬訂、協調、督導及管理。
（五）沿近海漁業監控、管制與偵查政策之擬訂、協調及督導。
（六）沿近海漁業觀察員之規劃、進用及管理。
（七）環境影響評估案件協助審查及協調。
（八）沿近海海洋污染防制工作之協調及處理。
（九）娛樂漁業政策之擬訂、協調、督導及管理。
（十）其他有關沿近海漁業資源管理事項。
二、漁船科：
（一）特定、娛樂漁業漁船建（改）造與本國籍漁船輸出入之管理及督導。
（二）特定漁業漁筏管理業務之協調及督導。
（三）特定漁業經營許可及證照之管理。
（四）漁業資材輸入與免稅之審查及督導。
（五）漁船用油補貼政策之擬訂、協調、督導及執行。
（六）沿近海漁船海難救助之通報及協調。
（七）漁業通訊政策之擬訂、協調及督導。
（八）其他有關漁船管理事項。
三、船員科：
（一）漁船船員政策之研析、法規研擬、協調及督導。
（二）受僱沿近海漁船之本國籍船員證照核發、協調及督導。
（三）受僱沿近海漁船之非本國籍船員管理及督導。
（四）漁船（員）動員準備之協調及督導。
（五）兩岸漁業事務之策劃、協調及處理。
（六）其他有關沿近海作業漁船船員管理及督導事項。
四、漁村建設科：
（一）漁村社區營造之推動及督導。
（二）漁村環境改善之推動及督導。
（三）休閒漁業之推動及督導。
（四）漁業產業與慶典活動之推動及督導。
（五）漁業權漁業之規劃及公告。
（六）專用漁業權漁業執照之核發。
（七）專用漁業權變更、撤銷及停止之處分。
（八）漁業權處分補償之核定。
（九）涉及二縣（市）漁業權漁業作業糾紛之調處。
（十）定置漁業權之協調及督導。
五、法規科：
（一）漁業法規制（訂）定、修正之研議及審議。
（二）漁業法規疑義之諮詢。
（三）漁業法規之整理、編印及宣導。
（四）漁業訴願及行政訴訟案件答辯之協辦。
（五）其他有關法制事項。