作物環境課掌理下列事項：
一、土壤資源管理調查、改良與農作物合理化施肥技術之研發、示範及推廣。
二、微生物肥料與農業廢棄物利用、農田地力改善之研發、示範及推廣。
三、農作物有機栽培技術之研發、示範及推廣。
四、農作物營養診斷、灌溉用水及農田肥力檢驗服務。
五、農業機械與自動化等生物產業設備、技術之研發、示範及推廣。
六、農作物病蟲害防疫技術之研發及示範推廣。
七、其他有關農作物環境事項。