屏東種苗研究中心掌理下列事項：
一、園藝作物種苗繁殖及相關試驗。
二、雜糧作物種子生產及試驗。
三、熱帶植物品種保護性狀檢定作業。
四、熱帶原生花木栽培利用等相關試驗。
五、健康種苗、種子繁殖及試驗。
六、其他有關種苗研究事項。