品種改良保護課掌理下列事項：
一、作物品種改良試驗研究。
二、作物遺傳資源試驗研究。
三、作物遺傳及育種技術研究。
四、作物抗病與抗蟲性之篩選及檢定研究。
五、植物品種權保護檢定作業之規劃及執行。
六、植物品種侵權檢定技術研發及鑑定業務之執行。
七、植物品種檢定須知及侵權鑑定作業流程之訂定。
八、其他有關品種改良及保護事項。