秘書室掌理事項如下：
一、文書、檔案、印信、出納、庶務、採購及財產管理。
二、風險管理與職業安全管理規劃、執行及督導。
三、員工定期健康檢查及健康資料管理。
四、職業災害之調查、統計、處理及防止、改進。
五、國外貴賓來訪之聯繫接待。
六、處務會議之議程、列管及行政院農業委員會林務局局務會議決議之列管。
七、辦理慶典活動、年度緊急應變演練。
八、不屬其他各科、室事項。