斗南分場掌理事項如下：
一、雲林地區設施蔬菜及蔥科栽培技術之改良、輔導、示範及推廣。
二、雲林地區長期生態系試驗對環境影響之研究、示範及推廣。
三、其他有關轄區農業改良事項。